392137 XML in der Bioinformatik (S) (WiSe 2002/2003)
Kurzkommentar
Inhalt, Kommentar
-
Die Bioinformatik beschäftigt sich u.a. mit der Erfassung und Analyse
von Daten aus biologischen Untersuchungen. Sie hat einen Schwerpunkt im
Bereich der Genetik. Dort fallen verhältnismäßig große Datenmengen an,
z.B. bei der Sequenzierung und Annotation eines Genoms. Diese Daten
werden traditionell in sehr einfachen Textdateien gespeichert, für die
keine standardisierten Formatvorgaben existieren. Dies führt immer
wieder zu Problemen beim Austausch von Daten.XML, die Extensible Markup Language, ist ein Verfahren, um Daten
strukturiert zu beschreiben. Mit Hilfe von Grammatiken ist es möglich,
den Aufbau einer XML-Datei formal zu definieren. Dies erleichtert
z.B. in der Bioinformatik den Austausch von Daten zwischen verschiedenen
Auswertungsschritten. Innerhalb kurzer Zeit wurden eine Vielzahl von
XML-basierten Sprachen vorgeschlagen, die verschiedene Bereiche der
Bioinformatik abdecken. Anwendungsfelder umfassen z.B.- Sequenzen, Alignments, Annotationen, Datenbankeinträge
- physikalische/chemische Informationen
- Proteine
- Expressionsergebnisse, Microarrays
- Metabolische Pfade
- Ausgaben von Werkzeugen (blast)
- Taxonomien, Ontologien
Häufig existieren in jedem dieser Bereiche mehrere konkurierende
Lösungen, die ihre jeweiligen Stärken und Schwächen haben.In dieser Veranstaltungen wollen wir uns zunächst die biologischen und
bioinformatischen Aspekte der einzelnen Bereiche ansehen. Anschließend
sollen die existierenden XML-Lösungen vorgestellt werden. Sofern es die
Zeit erlaubt, sollen die Teilnehmer durch Übungen am Computer praktische
Erfahrungen im Umgang mit XML-basierten Bioinformatik-Tools sammeln
können.
Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse
-
Die Veranstaltung richtet sich an Studierende aller Studiengänge mit
biologischem oder bioinformatischem Anteil im Hauptstudium. Vorkenntnisse
über XML sind von Vorteil, werden aber nicht vorausgesetzt.
Externe Kommentarseite
Lehrende
Termine ( Kalendersicht )
| Rhythmus | Tag | Uhrzeit | Format / Ort | Zeitraum |
|---|
Fachzuordnungen
| Studiengang/-angebot | Gültigkeit | Variante | Untergliederung | Status | Sem. | LP | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Bioinformatik und Genomforschung / Bachelor | (Einschreibung bis SoSe 2011) | ||||||
| Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom | (Einschreibung bis SoSe 2004) | Biologie; Biotechnologie; BioI | HS |
Keine Konkretisierungen vorhanden
Kein Lernraum vorhanden
- registrierte Anzahl: 13
- Dies ist die Anzahl der Studierenden, die die Veranstaltung im Stundenplan gespeichert haben. In Klammern die Anzahl der über Gastaccounts angemeldeten Benutzer*innen.
- Adresse:
- WS2002_392137@ekvv.uni-bielefeld.de
- Lehrende, ihre Sekretariate sowie für die Pflege der Veranstaltungsdaten zuständige Personen können über diese Adresse E-Mails an die Veranstaltungsteilnehmer*innen verschicken. WICHTIG: Sie müssen verschickte E-Mails jeweils freischalten. Warten Sie die Freischaltungs-E-Mail ab und folgen Sie den darin enthaltenen Hinweisen.
- Falls die Belegnummer mehrfach im Semester verwendet wird können Sie die folgende alternative Verteileradresse nutzen, um die Teilnehmer*innen genau dieser Veranstaltung zu erreichen: VST_1043656@ekvv.uni-bielefeld.de
- Reichweite:
- Keine Studierenden per E-Mail erreichbar
- Hinweise:
- Weitere Hinweise zu den E-Mailverteilern
- Letzte Änderung Grunddaten/Lehrende:
- Freitag, 11. Dezember 2015
- Letzte Änderung Zeiten:
- ?
- Letzte Änderung Räume:
- ?
- Art(en) / SWS
- S / 2
- Einrichtung
- Technische Fakultät
- Fragen oder Korrekturen?
- Fragen oder Korrekturwünsche zu dieser Veranstaltung?
- Planungshilfen
- Terminüberschneidungen für diese Veranstaltung
- Link auf diese Veranstaltung
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