392010 Spezielle Algorithmen der Sequenzanalyse (V) (SoSe 2007)

Wir werden einerseits Themen, die aus der Grundvorlesung bekannt sind,
vertiefen, z.B. effiziente Implementierungen von Suffixbäumen und
Suffixarrays, Alignment mit linearem Platzbedarf (Hirshberg-Technik),
wie hängt das optimale Alignment von der benutzten Scorefunktion ab
(parametrisches Alignment), längennormalisiertes Alignment

Weiterhin betrachten wir neue Probleme und Modelle,
z.B. RNA-Sekundärstrukturvorhersage (Nussinov-Algorithmus),
Transkriptionsfaktorbindestellenvorhersage mit Hilfe von position
weight matrices (PWMs), sowie die Modellierung von genomischen
Signalen (wie CpG islands oder Genstrukturen) mit Hidden Markov
Modellen (HMMs).

Wir werden uns auch vermehrt anwendungsorientierten Algorithmen
zuwenden: Vergleich ganzer Genome, Finden von repeats, etc.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Diese Vorlesung und die freiwilligen Übungen bilden die Fortsetzung der
"Grundlagen der Sequenzanalyse" des vergangenen Wintersemesters.